Попытка новых предложений (держитесь):

Меня немного смущает пауза в 5 секунд во избежании двойных отметок взятия КП.

А что если сделать просто серию отметок для КП.

Попытаюсь в примерах:
1) КП+ИЛ1 - две отметки подряд (одна серия);
2) КП+ИЛ1+ИЛ2 - четыре отметки подряд (одна серия);
3) КП+ИЛ2+ИЛ3 - шесть отметок подряд (одна серия).

Правила:
Засчитывается последняя верная серия для одного КП.
Чтобы избежать переполнения чипа, допускается заново ввести серию один или два раза - в зависимости от емкости чипов (не знаю точно). Промежуток между сериями - 5 секунд.
Если хотя бы одна из серий для одного КП начинается во время, когда это КП закрыто - штраф - 50% баллов за КП.
Если последняя серия для одного КП начинается во время, когда это КП закрыто - КП не засчитывается полностью.

Почему версия жизнеспособна?
Мы имеем не так много комбинаций ИЛ:
ИЛ1=1
ИЛ2=2
ИЛ3=3
ИЛ4=4
ИЛ1+ИЛ2=3
ИЛ1+ИЛ3=4
ИЛ1+ИЛ4=5
ИЛ2+ИЛ3=5
ИЛ2+ИЛ4=6
ИЛ3+ИЛ4=7
ИЛ1+ИЛ2+ИЛ3=6
ИЛ1+ИЛ2+ИЛ4=7
ИЛ1+ИЛ3+ИЛ4=8
ИЛ2+ИЛ3+ИЛ4=9
ИЛ1+ИЛ2+ИЛ3+ИЛ4=10

Достаточно убрать несколько повторяющихся значений (как пример - выделены красным) и каждая серия, отмеченная экипажем на КП будет уникальна.

Доклад окончил)