Время работы увеличивается в квадрате. Т.е. у тебя во втором атласе разрешение примерно в два раза лучше - время обработки примерно в 4 раза больше.

Размер файла вообще никак не угадаешь. В формате Ozf3 сжатие, похоже, без потерь, и насколько хорошо оно сожмется, зависит только от вида и качества исходной картинки. Картинка с малым количеством чистых цветов сожмется хорошо, а грязный jpeg с кучей разводов - плохо. Теоретически карты перед склейкой (да и вообще) желательно предварительно обрабатывать - уменьшать кол-во цветов, сглаживать муар и разводы, и уж ни коем случае не записывать больше в jpg. Но дело это долгое, нудное, требующее специфических навыков.

Кстати, число цветов в выходном файле можно задавать - как правило, хватает 128, на простых картах - 64. Чем меньше цветов, тем меньше файл. Но, если перестараться, начнутся всякие искажения (зеленые реки и пр. ерунда). Поэтому на склейках большого кол-ва листов из разных источников лучше с этой опцией не усердствовать.