Среди знаменитых монастырей Новгорода Отенский монастырь занимает особое место: его история связана с двумя очень важными и интересными для новгородской церкви именами — архиепископа Ионы, стяжавшего святость и причисленного к лику Новгородских святых, и богослова и философа Зиновия Отенского.
Летописные сведения об основании монастыря отсутствуют, но под 6928 (1420) годом сообщено: «поставлены две церкви деревянные в Отне пустыне Николая Чудотворца и Онуфрия Великого на Красном острове, а строил архимандрит Харитон».
Спустя 32 года в 1452 году св. Евфимий строит в Отенском монастыре первую каменную церковь во имя Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Обитель тогда была маленькой, с незначительным числом братии и скромными доходами.
И примерно в это время настоятелем монастыря становится уникальный и интереснейший человек своего времени: архиепископ Иона. В это время начинается расцвет монастыря: архиепископ был значимой фигурой в Новгороде: он организовал в Новгороде приюты для сирот и вдов. Для защиты своей паствы от притязаний Москвы он ездил к Ивану III и убедил его «тихими очами взирать» на Новгород. В 1466 году в Новгородской земле умерло от моровой язвы более 250 000 человек, в том числе в самом Новгороде около 50 000 (среди них 7650 монашествующих и 300 священников). По сказанию летописи, Иона прекратил болезнь, совершив крестный ход в Зверин монастырь.
Архиепископ перестроил храм Трех Святителей. С юга он получает придельную церковь Рождества Иоанна Предтечи с приделом Онуфрия Великого. В результате этого строительства появляется довольно редкий в древнерусском зодчестве вариант архитектурной композиции: два небольших по размерам равновеликих храма — северный одноглавый с широким алтарным полукружием и обширной папертью (к северо-западному ее углу примыкала колокольня) и южный, вероятно двуглавый, с двумя алтарными апсидами, смещенными к западу относительно соборного храма. По сообщению жития Ионы Отенского потолок у Иоанна Предтечи был не сводом, а деревянный: таково было желание Ионы, который избрал местом своего погребения пространство у северной стены храма Иоанна Предтечи, вблизи от паперти соборного храма.
В 1463 г. в монастыре возводится трапезная церковь Николая Чудотворца в восьми саженях от соборной церкви к северу (вероятно, на месте деревянного храма). Это было двухэтажное здание, к которому с западной стороны примыкали игуменские кельи отделенные узкими сенями. В нижнем этаже постройки была кухня, хлебопекарня, погреба. Трапезная и игуменские кельи имели отдельные входы. Исследователь новгородской архитектуры Е. Турова считает, что верхний этаж Никольской церкви представлял собой уникальную для русской трапезной постройки XV — XVI вв. планировку: бесстолпная палата размерами 13×14 м освещалась одиннадцатью окнами и имела большое алтарное полукружие с востока. Всю ширину восточной стены занимал иконостас. Пространство собственно храма было выделено деревянной перегородкой на небольших квадратных столбиках (бесстолпных каменных перекрытий такого пролета в архитектурной практике XV в. не зафиксировано).
В житии Ионы Отенского сообщается, что тело его после кончины 5 ноября 1470 г. (ст. стиль) было положено в дубовый ковчег и погребено в храме Св. Иоанна Предтечи. Гроб не засыпали землей, а только закрыли досками. По прошествии сорока дней от мощей его не было никакого запаха и гроб его остался навсегда не засыпанным землею.
На Макарьевском соборе 1549 года архиепископ Иона был причислен к лику общерусских святых. При этом его мощи оставались в Оттенском монастыре, что вывело монастырь в самые значимые монастыри Новгородчины. Монастырь не раз посещался и одаривался Московскими царями : Иван IV поддержал его денежными средствами: на монастырь в 1574 г. было пожертвовано 2644 руб. 4 алтына и 4 деньги. В XVI в. в обители было учреждено общежитие и настоятель ее между новгородскими игуменами занимал пятое место. Потом, после разорения монастыря в Смутное время, деньги на отстройку монастыря дал Михаил Федорович (в 1617 году).
В XVIII в. у монастыря было семьсот тридцать две души крестьян, семьсот девять десятин земли, рыбные ловли и, вероятно, получая доброхотные пожалования, монастырь мог существовать безбедно.
Кроме этого, доход приносила паломническая деятельность: в монастыре были бесценные мощи святого, что привлекало поток паломников, даже в весьма глухое и отдаленное место.
Ведомость о монашествующих, послушниках и хозяйстве Отенского монастыря за 1918 г. свидетельствует, что монастырь в это время владел около тридцати одной десятиной пахотной земли в Новом Сельце и Новинке, покосной земли было около восьмидесяти десятин. Капитал монастыря наличными деньгами составлял 1096 руб. 15 коп. Монастырь возглавлял иеромонах Иона семидесяти шести лет, постриженный здесь же в 1877 г. Он пришел в обитель после окончания новгородской духовной семинарии в 1863 г. Кроме восьми человек монашествующих в Отне к 1919 г. было еще пять послушников.
В советское время монастырь был закрыт, здания церквей были переданы колхозу Комсомолец.
История монастыря закончилась в 1941 году.
После наступления немцев в сентябре 1941 года, монастырь заняла Испанская "голубая дивизия", которая сделала монастырь своим опорным пунктом: на каждой башне монастыря были установлены пулеметы и минометы, вокруг монастыря были сделаны три линии окопов с блиндажами.
Кроме этого, болотистая местность мешала наступлению наших войск.
Однако, после первого неудачного штурма 4 декабря 1941 года, 5 декабря 1941 года монастырь (или то, что от него осталось) при поддержке катюш, был занят войсками Советской армии. Однако, испанцам одалось сохранить порядки и организованно отойти к Волхову.
После штурма монастырь был превращен в руины и больше не восстанавливался.
Но есть поверье, что рака с мощами архиепископа Ионы, которая, несмотря на все перепетии Советского времени, так и хранилась в Оттенском монастыре, так и лежит в глубоких подвалах разрушенной церкви Трех святителей и святой иона тихо и неслышно взирает на тот покой, что воцарился здесь, и помогает всем праведным путешественникам, которых заносит сюда.
