Основан как посёлок станции , построенной в 1904—1905 годах. Первоначально посёлок был известен как Новый Эльтон (Старый Эльтон располагался на противоположном берегу озера).
В 1910 году на озере Эльтон в 3 верстах от станции был основан санаторий «». Лечебные корпуса были построены на искусственном острове, к которому по насыпной дамбе вело железнодорожное полотно. В годы Гражданской войны курорт функционировал большей частью как военно-гражданский санаторий, а после войны был передан в ведение ЦК профсоюзов. В 1942 году курорт прекратил свою деятельность. В его корпусах разместился военно-полевой госпиталь № 4157, который был расформирован в 1945 году.
В 1947 году на территории курортного посёлка в связи с тем, что грязелечебница на озере была разобрана на дрова для отопления печей госпиталя, была построена новая грязелечебница.
В 1953 году в связи с ликвидацией Эльтонского района посёлок был передан в состав Палласовского района полностью. В 1959 году посёлок Эльтон Эльтонского сельсовета Палласовского района был отнесён к категории курортных поселков. Эльтонский сельсовет был преобразован в поселковый Совет курортного посёлка Эльтон, все населённые пункты бывшего сельсовета были оставлены в административном подчинении поселкового Совета. В 1960 году началось строительство нового бальнеогрязевого корпуса и котельной. В 1971 году Эльтон получил статус курорта местного значения. В 1986 году проведена реконструкция обветшавшего здания грязелечебницы. В 1995 году курорт получил статус государственного учреждения здравоохранения "Областной бальнеогрязевой санаторий «Эльтон».
Постановлением Волгоградской областной Думы от 30 июля 1998 года № 81/1095 «Об изменении административного статуса курортного поселка Эльтон и Эльтонского поссовета Палласовского района Волгоградской области» административный статус Эльтон был изменён на административный статус сельского поселения — посёлка Эльтон. Статус Эльтонского поссовета был изменён на сельсовет.
На станции Эльтон в Волгоградской области открыли памятную мемориальную доску легендарному Почетному железнодорожнику Георгию Григорьевичу Латунову.
Георгий Латунов родился в 1903 году и уже в 15 лет начал свою трудовую деятельность на железнодорожном транспорте. В годы Великой Отечественной войны он работал начальником станций Верхний Баскунчак и Эльтон. Именно ему было поручено построить в кратчайшие сроки обходной путь вокруг уничтоженной немецкой авиацией станции Верхний Баскунчак. После войны Георгий Латунов был переведен в Сталинград на должность начальника восстановленного вокзала Сталинград-1.
За доблестный труд Георгий Григорьевич удостоен звания Героя Социалистического Труда, орденов Ленина и Золотой медали «Серп и молот», награжден орденом «Знак Почета», знаками «Почетный железнодорожник» и «Отличный движенец». Скончался ветеран-железнодорожник в 1993 году.
