Зоологический музей Императорской академии наук был основан в 1832 году и был открыт для публики в 1838 году. Тогда в качестве базовой коллекции были взяты экспонаты из отдела зоологии Кунсткамеры. Весомый вклад в создание музейного фонда внес академик Ф.Ф. Брандт, ставший первым его директором. Первые экспонаты из своих коллекций внесли в музейный фонд Карл Бэр, Федор Брандти и Александр Миддендорф. Русские путешественники — Николай Пржевальский, Миклухо-Маклай и многие другие также подарили ценные экспонаты, привезенные ими из экспедиций.
По мере увеличения коллекции потребовались новые помещения и в 1896 году музей переезжает в здание южного пакгауза Биржи — здание желтого цвета слева от Биржи. В 1901 году после завершения работ по переустройству помещений и перемещению экспонатов состоялось его открытие в присутствии российского императора Николая II, многочисленных членов царской семьи и чиновников.
В 1930 году музей вошел в состав Зоологического института Российской Академии Наук. По сути он является лабораторией для проведения исследований в области зоологии. В настоящее время в выставочный отдел института входят 12 лабораторий и две биостанции, на Белом и Балтийском морях, научная библиотека и информационно-издательский отдел.
Сегодня зоологический музей в Санкт-Петербурге является крупнейшим музеем такого профиля в России и одним из самых крупных в мире.
Музейный фонд постоянно пополняется экспонатами, привезенными из экспедиций. Общая площадь экспозиции составляет более 6 тыс кв. м. В настоящее время в экспозиции выставлено более 30 тыс. видов животных. Кроме того, фонды насчитывают около 15 млн. экземпляров представителей фауны. Экспозиция организована в систематическом порядке. Здесь можно увидеть все виды животных — от простейших до приматов. Представлены все группы животного мира — беспозвоночные, рыбы, земноводные и другие. Богатая коллекция птиц и млекопитающих.
