Инициатива сооружения церкви в Саках принадлежала святителю Иннокентию (Борисову), епископу Херсонскому и Таврическому. Среди имен многих выдающихся духовных пастырей Тавриды имя владыки Иннокентия сияет особенно ярко: он был ученым-богословом, историком, блестящим оратором. Современники называли его «звездой Отечества», «русским Златоустом».
В 1853 году Херсонская духовная консистория ходатайствовала перед Главным управлением путей сообщения и публичных зданий о рассмотрении проекта церкви при Сакском соляном озере, который разработал Херсонский епархиальный архитектор. Проект был отклонен , хозяйственное управление Синода предложило свой проект сметной стоимостью восемь тысяч рублей серебром.
13 декабря 1856 г. Святейший Синод рассмотрел и одобрил представленный проект и рекомендовал «препроводить архиепископу Херсонскому новый проект относительно построения церкви при Сакском соляном озере с предоставлением сведений с заключением и возвращением того проекта».
25 апреля 1857 года архиепископ Иннокентий ответил Синоду: «Честь имею уведомить, что дело остановилось за прошедшею войною и вследствие ее может совершенно переиначиться, ибо церковь предполагалась к постройке главным образом ради существовавшего там больничного заведения, от которого не осталось теперь ни щепки. Готовится прожект о возведении нового здания, в состав коего думают ввести и церковь».
Святитель Иннокентий предполагал построить в Саках обширный храм и изыскивал для этого средства. Кончина крымского архипастыря в 1857 г. прервала эти труды. Вместо большого храма в 1861 году на средства евпаторийского купца 3-й гильдии Петра Третьякова построили небольшую каменную церковь, скромную по архитектуре, во имя святого пророка Илии. Храм обслуживал Саки и семь деревень — Александровку, Ивановку, Лезье, Михайловку, Ново-Дмитриевку, Тишей, Тулат-Карач, всего 1679 прихожан. История сохранила имена первого священника Романа Сулимы и диакона Павла Михайловского.
У этой церкви не было даже колокольни, под звонницу приспособили небольшое строение. Колокола висели так низко, что их звон не был слышен в большей части села. Только через тридцать лет, в 1891 году, возник вопрос о строительстве на средства прихожан новой трехъярусной колокольни, отдельно стоящим объемом, на расстоянии трех саженей от церкви, чтобы при постройке взамен существующей маленькой церкви новой, большей, чем теперешняя , престол оказался на месте. Автором проекта колокольни стал классный художник архитектуры А. Карапетов. Долгое время он жил и работал в Крыму, где по его проектам было воздвигнуто несколько храмов, а также гражданских зданий. В Симферополе им были построены Казённая палата и церковь Трёх Святителей, в Керчи — церковь Вознесения Господня и храм Успения Пресвятой Богородицы, а также церковь во имя апостола и евангелиста Луки в с. Лаки. Архитектор Карапетов спроектировал нарядную высокую колокольню, в октябре строение было освидетельствовано и принято в эксплуатацию.
В 1902 году встал вопрос о строительстве здания церкви. Был организован строительный комитет, председателем которого стал настоятель церкви священник В. Попов. Комитету нужно было изыскать денежные средства, выбрать опытного архитектора — автора проекта, найти благонадежного подрядчика, способного грамотно повести строительство, закупить строительные материалы.
При выборе подрядчика комитет решил устроить частные торги, на которые приглашались подрядчики, известные епархиальному ведомству.
Добросовестный и опытный инженер-строитель, хорошо зарекомендовавший себя в губернском центре (он строил в Симферополе Дворянский театр, здание Офицерского собрания, частные дома и другие крупные сооружения), Я.А. Рыков взялся за подрядную работу по сооружению Свято-Ильинской церкви. Согласно контракту, строительство должно было завершиться к августу 1903 года.
Зодчим будущего храма стал Хрисанф Константинович Васильев (1851-?). Как и об архитекторе Карапетове, о Васильеве нам известно немного.
С 1872 по 1884 год он учился во Всероссийской Академии Художеств в Петербурге. Автор проекта железнодорожного вокзала в Баку. В 1883 году вместе со скульптором Н.А. Лаверецким создал надгробный памятник Ф.М. Достоевскому в некрополе мастеров искусств Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге. С его участием открыто два памятника А.С. Пушкину. По проектам Хрисанфа Васильева в Крыму были построены церкви в Перекопе, Гурзуфе, великолепный храм Архистратига Михаила в Алупке.
Архитектор Васильев так гармонично объединил уже существовавшую колокольню с новой церковью, что постройка выглядела единым целым. Этот храм мог украсить любой город: нарядный, большой, прекрасных пропорций, без налета провинциальности.
2 октября 1903 г. новая церковь была освящена во имя пророка Божьего Илии. Храм закрывался с 1930 по 1942 годы.
Источник hram-proroka-ilii.ru