История Троицкого монастыря началась в 1689 г., когда священник городской Рождественской церкви Петр Иванов безвозмездно уступил «безместным старицам Таисеи да Федосье с сестрами» свою усадьбу. Монахини, не относившиеся ни к одному монастырю – 27 человек, во главе со старицами Таисией, Феодосией и Капитолиной – поселились здесь, и в 1690/91 г. подали челобитную царям Ивану и Петру Алексеевичам с просьбой разрешить основание в Пензе женского монастыря.
В 1700-1702 г. в монастыре появился деревянный Троицкий храм с приделом Смоленской иконы Божией Матери, построенный из разобранного Спасского собора Пензы; в 1717 г. – надвратная деревянная церковь во имя прп. Александра Свирского. Первые каменные храмы возвели в обители в 1746-1747 гг. – это были также Троицкая церковь со Смоленским приделом в трапезной, и церковь Александра Свирского под колокольней. Помимо них, к середине XVIII в. в монастыре были келья настоятельницы, больничная келья, восемь монашеских келий и около сорока маленьких келий белиц.
При реформе 1764 г. обитель – единственная из всех женских по епархии – упразднена не была, ее отнесли к третьему классу, и сюда перевели насельниц упраздненных Краснослободского Покровского и Инсарского Успенского монастырей.
В 1770 г. в монастыре случился большой пожар, последствия которого устранили уже после Пугачевщины (кстати, за участие в торжественной встрече Пугачева в Пензе игуменья Ермилла была «с восьмью другими монахинями лишена мантий»). В 1782 г. достроили новую колокольню; в 1798-1810 гг. у Троицкой церкви появился южный придел Иоанна Богослова; примерно в то же время – придел иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» (в монастыре находился особо чтимый такой образ, а этот придел, видимо, заменил собой Смоленский).
В 1900-1911 гг. по проекту Александра Гавриловича Старжинского (1850-1906) на месте прежнего построили величественный Троицкий собор в русском стиле – один из лучших памятников городской архитектуры начала ХХ в. Освятили храм 18 сентября 1911 г., боковые приделы – чуть позже, по-прежнему во имя Иоанна Богослова и иконы «Всех скорбящих Радость».
Кроме этих двух церквей и надвратной колокольни Александра Свирского, в монастыре было несколько двухэтажных и одноэтажных корпусов: игуменский, училищный, просфорный, ризный, больничный, трапезный, три монашеских, а также несколько одноэтажных построек и башенки ограды. В начале ХХ в. в монастыре насчитывалось около 350-ти монахинь и послушниц.
К востоку от храмов находился небольшой монастырский некрополь; здесь нашли свое упокоение декабрист И. Н. Горсткин (1798-1876) и архитектор В. П. Семечкин (1843-1917). 23 апреля 1861 г. в обители скончалась монахиня Анна, которую привезли незадолго до того из Тамбовского Вознесенского монастыря; среди ее имущества был найден крестик с надписью «Царевна Анна» – предполагают, что это была незаконнорожденная дочь императора Павла I.
В 1846 г. при монастыре было открыто Пензенское училище девиц духовного звания, которое чаще называли «приютом». В 1857 г. его закрыли – «частью по неудобству помещения, частью по недостатку средств содержания», но в 1860 г. восстановили, уже за стенами монастыря, как епархиальное женское училище. А при монастыре с 1871 г. вновь действовало училище для девиц духовного звания (оно же «сиротский приют»), рассчитанное на 10 учениц. К 1860-м гг. была в обители и больница для монашествующих (на 20-30 коек), а к началу ХХ в. и златошвейные мастерские.
Монастырь официально был упразднен в 1918 г., но фактически существовал до 1927 г. Затем храмы еще некоторое время действовали как приходские: Троицкий – до января 1930 г., Духосошественский – до апреля 1931 г. Затем здесь разместились мастерские, общежитие, клуб, кулинарное ПТУ, жилье. В 1977 г. была снесена колокольня, в другие годы – ограда, башни, училищный корпус и все хозяйственные постройки.
В 1992 г. Троицкую обитель вернули епархии. 25 марта 1993 г. она была снова открыта, настоятельницей стала игумения Митрофания (Перетягина, 1940-2014), переведенная из Наровчатского Троице-Сканова монастыря с 18-ю сестрами. С этого же времени в обители служит митрофорный протоиерей Владимир Спицын, один из старейших клириков Пензенской епархии и ее духовник.
