Храм первоверховных апостолов Петра и Павла на улице Челюскинцев, 20 в нагорной части Тобольска имеет древнюю историю.
Первоначально на этом месте была построена деревянная церковь, освященная во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла. Дату постройки этого храма история не сохранила, однако можно утверждать, что храм сей заложен не позже 1652 года. Судьба этой церкви, как и многих российских деревянных церквей, непростая. Она сгорала дотла и вновь восставала из пепла. Храм был дважды уничтожен пожаром – в 1701 и в 1765 годах. В последнем случае вместо сгоревшего храма из Иоанновского Междугорского монастыря был перевезен и освящен 18 июня 1765 года деревянный Предтеченский храм. Этот храм был старый и использовался как временный до постройки постоянной каменной церкви во имя святых апостолов Петра и Павла.
13 сентября 1768 года был заложен каменный храм во имя первоверховных апостолов Петра и Павла, с приделами во имя Алексия, Митрополита Московского, Чудотворца и преподобного Нила Столобенского. Храм строился около пяти лет, по всей видимости, строили всем приходом, больших пожертвований не было. Архитектура церкви не претендовала на исключительность и представляла пример рядового посадского храма с типичным для Тобольска трехчастным делением.
Главный придел церкви был освящен Преосвященным Варлаамом I 10 августа 1774 года, придел во имя преподобного Нила – 7 декабря того же года. В 1807 году к храму была пристроена колокольня.
После Октябрьского переворота храм действовал более десяти лет. В 1922 году из храма были изъяты все драгоценные металлы, серебряная утварь. В 1929 году сняты колокола. В 1930 году церковь святых апостолов Петра и Павла была закрыта. Некоторое время здание пустовало, затем использовалось под склад.
К началу Великой Отечественной войны здание Петропавловского храма было передано татарскому педагогическому училищу для организации там общежития для студентов. После войны здание храма использовалось различными организациями. По свидетельству местных старожилов, здесь были склады, магазинчики, продавали керосин.
Документальные данные, дошедшие до нашего времени, относятся к 1980 году: в это время храм перешел в совершенное запустение, требовал капитального ремонта и реставрации. В 80-х годах здесь размещались склады «Тоболторга». В 1987 году Тобольский исполком планировал реставрировать Петропавловскую церковь как памятник архитектуры и использовать под музей.
Однако в том же году начались переговоры с местными властями о передаче полуразрушенного здания храма Петра и Павла в ведение епархии. Мудро используя идею советского правительства «за мир во всем мире», Архиепископ Омский и Тюменский Феодосий совместно с членами приходского совета Покровского собора просил у властей Тюменской области «разрешения на открытие в городе Тобольске епархиального миротворческого центра». Причем владыка просил передать под миротворческий центр придел Софийского собора.
На что Тобольский Совет отреагировал следующим образом: «Исполком Тобольского городского совета народных депутатов сможет выделить для православной общины здание памятника архитектуры XVIII в. церковь Крестовоздвижения... В северном приделе Софийского собора располагается единственный в городе выставочный зал».
Наконец, после долгих просьб, ходатайств и обращений верующих в соответствующие инстанции последовало решение исполкома от 16 февраля 1988 года «О передаче церкви Петра и Павла общине православных верующих г. Тобольска».
С этого времени храм святых апостолов Петра и Павла играет важную роль в церковной жизни Тобольска и всей епархии. В 1989 году была открыта Тобольская духовная семинария, и сей храм, освященный 19 декабря 1989 года архимандритом Макарием (Веретенниковым), стал семинарской церковью: первые семинаристы здесь пели за Богослужением, преподаватели семинарии и воспитанники в священном сане совершали Богослужения. Здесь в приделах храма были устроены классы. В основном приделе храм был разделен перекрытием – на втором этаже размещались библиотека семинарии, канцелярия и кабинет ректора. Часть воспитанников проживала в Петропавловской церкви. Позднее, когда семинария расширилась, получила новые помещения, учебная база переместилась в кремль, семинарским храмом стал Покровский собор. Но и сейчас церковь Петра и Павла играет большую роль в жизни Тобольской семинарии.
Здесь размещены учебные помещения (мастерские) иконописной школы при Тобольской православной духовной семинарии. За Богослужением в храме поют воспитанники регентского отделения, а службы совершают учащиеся семинарии в священном сане.
Очень интересен архитектурный стиль Петропавловского храма – это первая и единственная в Тобольске церковь с явно выраженными чертами классицизма. Храм был заложен в то время, когда волна «тобольского барокко», оставившая городу более десятка церквей, быстро шла на убыль, и в формах церкви апостолов Петра и Павла проявил себя классицизм.
В 2011 году в храме святых апостолов Петра и Павла началась реставрация и в 2015 году храм отреставрировали. Был укреплен фундамент, восстановили фасад, внутри впервые появилась стационарная купель для крещения.
26 сентября 2015 года Высокопреосвященнейший Димитрий, митрополит Тобольский и Тюменский, ректор Тобольской духовной семинарии совершил первую Божественную литургию в отреставрированном храме в честь апостолов Петра и Павла.
