Церковь - мавзолей была построена на православном кладбище в 1840 году на средства коллежского асессора Василия Попова. Каменный, крытый железом храм был приписан к Казанскому собору. Ни прихода, ни причта, ни земель церковь не имела. Никаких документов, кроме приходско - расходной книги не было. Утварь была разобрана. и для культовых обрядов бралась из соборной церкви.
Открытие нового храма в городе было событием значимым. Стоящий на вершине кладбищенской горы мавзолей был виден со всех концов города и не оставлял равнодушными прибывающих в город путников, один из которых позже напишет: "Хвалынск поместился в подкове из серых гор; на горы взобрались ветряки, а на самой вершине, над городом расположилось кладбище с белым, сверкающим на солнце мавзолеем и множеством белых крестов."
В 1908 году, член Саратовской Ученой архивной комиссии Г.Г.Дыбо, посещая Хвалынск, заходил и на городское кладбище с целью собрать сведения о наиболее интересных надгробных памятниках. Среди его записей был также изложен текст эпитафии из кладбищенской церкви: "Здесь покоится прах сына созидателя храма сего Григория Васильевича Попова- 3 марта 1834 года на 20 году от рождения скончавшегося, горестная потеря которого, поразившая глубокою скорбью души родителей, подала им благочестивую мысль над гробом его устроить Храм Божий во спасительное возношение молитв к Господу о упокоении усопших вселенских праведных.".Далее он сделал заметку: "В притворе кладбищенской церкви при входе на правой стороне висит большая доска с изображением страшного суда". Запись интересна тем, что упомянутая в ней икона с сюжетом страшного суда работы местного живописца середины ХIХ века П.И.Суконцева, в отличие от эпитафии сохранилась до наших дней и находится в постоянной экспозиции художественно- мемориального музея имени К.С. Петрова-Водкина. Икона, написанная в 1858 году на цельной дубовой доске внушительных размеров, является ярким памятником, выполненном в традициях древнерусской живописи.
К ноябрю 1935 года все приходские церкви вместе с собором были закрыты. Тогда бывшие прихожане Никольской и Казанской общин подали в городской исполнительный комитет прошение о разрешении им пользоваться кладбищенской церковью. Разрешение было дано, и 20 декабря 1935 года зарегистрирована новая община "Верующих кладбищенской Трехсвятительской церкви". Так храм стал приходским. Дрова, свечи и воск, утварь для служб были взяты из закрытого Казанского собора.
Но и над кладбищенской церковью сгустились тучи, вскоре она была закрыта. В 1940 разобрана.
В народе кладбищенский холм до сих пор зоется Поповой горой, название это стало официальным и появилось на картах города еще до революции, но все уже успели забыть, что названа она именем созидателя уничтоженной церкви.
27 сентября 2002 года в память о разрушенном храме на месте, где стояла церковь, был поставлен огромный крест и залита бетонная площадка для отпевания усопших.
