Усадьба дворян Лопухиных известна с 17 века, с середины 19 века - помещику Рюмину, а до 1910х - дворянке Томановской. Господский дом в Подкопаево находился в центре усадьбы. В нескольких десятках метров к югу от церкви расположен дом священника (сейчас в нем живут родственники жены последнего настоятеля храма).
Наличие в парке села Подкопаево регулярного и ландшафтного построения позволяет сделать вывод, что парк мог быть заложен в XIX. Аллеи в парке расположены в виде римской цифры IX. Почти полностью сохранилась подъездная аллея к дому.
До наших дней сохранился и ансамбль монастыря. Кирпичная церковь построена в 1701 по заказу Фёдора Лопухина. Закрыта в конце 1930-х, использовалась как склад. В 1701 году рядом с храмом была построена Алексеевская надвратная церковь с колокольней в стиле нарышкинского барокко.
Совсем недавно территория стала скитом Мещовского мужского монастыря, колокольня и храм очень медленно восстанавливаются.
