Когда началась Великая Отечественная война, Новороссийск с первых же дней стал прифронтовым городом. В связи с участившимися налетами фашистской авиации осенью 1941 г. одно из зданий было предложено Новороссийской военно-морской базе. В августе 1942 г. развернулись ожесточенные бои за Новороссийск, противник вел наступление на город с нескольких направлений. В это трудное время было принято решение о строительстве флагманского командного пункта на 9-м километре Сухумийского шоссе. Там у дороги стояла небольшая дачка, а ниже скала, круто обрывавшаяся к морю. Под нею, в толще берегового склона, и оборудовали пункт со всеми необходимыми средствами боевого управления, который до определенного времени считался запасным.
Проект командного пункта был разработан инженерным отделом Черноморского флота. Строительство № 10 инженерного отдела Черноморского флота приступило к сложной работе: в толще скалы были прорублены туннели. Стены, потолки и полы в основной рабочей зоне и туннелях были отделаны бетоном.
31 августа в предельно короткие сроки строительство было закончено. 5 сентября 1942 года на основании приказа заместителя командующего Новороссийским оборонительным районом контр-адмирала Горшкова за № 30013 от 28.08.1942 г. была создана комиссия, которая произвела осмотр вновь выстроенного флагманского командного пункта на 9-м километре г. Новороссийска и установила, что, в основном, все виды работ выполнены.
Ввиду того, что командный пункт в связи с усложнившейся оперативной обстановкой в Новороссийске уже эксплуатировался, то комиссия сочла построенный ФКП строительством № 10 - принятым. Объект сдал председатель комиссии инженер-майор З. М. Кульбяков, а принял инженер-капитан-лейтенант Игнатьев.
10 сентября 1942 г., по распоряжению генерал-майора А. А. Гречко, командующего НОРом, для руководства войсками на КП 9-го километра переместился вспомогательный пункт управления штаба 47-й армии во главе с генерал-майором Петраковским. Затем на КП 9-го километра перешли работать командующий 47-й армии и НОРом генерал-майор А. А. Гречко и его заместитель контр-адмирал С. Г. Горшков.
В ночь на 4 февраля 1943 г. на причалы рыбозавода успешно высадился отряд особого назначения НВМБ под командованием майора Куникова. Руководство высадкой отряда осуществлялось с 9-го километра оперативной группой НВМБ во главе с начальником штаба базы капитаном 2 ранга А. В. Свердловым. В 01 час 45 минут 4 февраля была установлена надежная связь с отрядом Куникова. В течение февраля на Малую землю были высажены основные десантные силы. 19 февраля в управление войсками, ведущими бои на Малой земле и у цемзавода «Октябрь», вступил штаб 18-й армии. Вспомогательный пункт управления армии расположился тоже на 9-м километре. В апреле-мае между ВПУ и командным пунктом десантной группы на Малой земле по дну Цемесской бухты была проложена связистами 14-й кабельно-шестовой роты кабельная связь. Отсюда шли приказы частям и соединениям, сражавшимся на Малой земле и в районе цемзавода «Октябрь».
Когда начался сентябрьский штурм Новороссийска, руководство войсками осуществлялось с ВПУ (9-й километр Сухумийского шоссе), куда перешел командарм-18 со своими заместителями по родам войск и со всеми службами. В 21 час 30 минут 9 сентября 1943 года отсюда, с ВПУ, войска армии получили боевое распоряжение атаковать противника.
Последнее боевое распоряжение поступило в войска с ВПУ 9-го километра 16 сентября в 20 часов 30 минут.
Сейчас при входе в штольню, где размещался командный пункт, установлены две мемориальные доски: «Здесь находился КП командующего Новороссийским оборонительным районом. Сентябрь, 1942 г.», «Здесь размещался КП 18-й армии. 1943 год».
Командный пункт является музейным объектом и взят под охрану государства.
