Деревня Мроткино известна как минимум с XV века.
В 1499 году, после присоединения Новгородских земель к Московскому княжеству, была проведена перепись населения Новгородских земель. И село Мроткино попало в эту перепись как "двор Петра Микититна, сына Путятина, в селе же кроме двора Петра Путятина еще девять дворов людей его...".
К XVIII веку деревней владеют напополам Козьма Мартьянов и Ерофею Федоровичу Муравьеву.
Оба рода были старинные, особенно прославился род Муравьевых: сын Ерофея Федоровича, Николай Ерофеевич, был одаренным инженером, математиком. Он издал учебник "Начальное основание математики", который был высоко оценен современниками, также был одним из основателей русской геодезии, был главным директором по строительству дорог, сенатором. К сожалению, Николай Ерофеевич умер не дожив до 50 лет.
Сын Николая Ерофеевича, Николай Николаевич, участвовал в войне 1812 года, потом вышел в отставку и создал в Москве земледельческую школу (там, вопреки названию, обучали не земледельцев, а землемеров: картографов, геодезистов и т.п.) а также школу колонновожатых - прообраз академии Главного штаба.
Церковь в Мроткино стояла тоже издавна.
В 1753 году Козьма Мартьянов и Ерофей Муравьев решили на месте сгоревшей церкви "справить церковь новую". Однако, по легенде, Ерофею Мартьянову было видение, в котором ему было указано, что новую церковь надо ставить в новом месте. Поэтому Ерофей вырубил свой сад и поставил церковь новую в новом месте, в 200 метрах от старой.
К 1824 году церковь обветшала но была воссоздана "на старом срубе", после этой переделки церковь обрела черты классицизма, к церкви была пристроена колокольня.
Также в 1820-х годах основная усадьба была перенесена из Мроткино в Сырец.
Это обстоятельство позволило сохранить ансамбль села практически неизменным с XIX века: все бури века XX обошли Мроткино стороной: церковь и историческая застройка села не пострадали ни во время революции ни во время Великой Отечественной войны. В Советское время церковь была единственной действующей в Батецком районе.
Но в 1990-х годах в купол церкви попала молния, отчего был поврежден барабан церкви. Ныне церковь полностью восстановлена.
На основе статьи в газете "Батецкий край" от 14.08.2014