Для начала посмотрите [tuxmobil.org]

У меня Magellan Sportrak, треки, точки читаю и гружу из Linux собственной программулькой на perl, но есть и другие, например, gpsbabel.

С привязанными топографическими картами работаю тоже в своей программе для Matlab (не очень удобно, но мне хватает).

Ещё балуюсь тем, что гружу свои программы прямо в GPS приёмник, смотрю, как работает это железо: ловлю спутники и изучаю то, что называется raw data. Подробности на [www.gpsinfo.ru]