Вот какая информация на этот счет содержится в Консультанте (Кандауров Д.В., Щепотьев А.В., Комментарий к Федеральному закону от 14 февраля 2009 г. N 22-ФЗ "О навигационной деятельности" (постатейный). - "Юстицинформ", 2009 г.):

Территория осуществления НД - территория РФ за исключением территорий и объектов, для которых законодательством Российской Федерации установлен особый режим безопасного функционирования и перечень которых утверждается Правительством Российской Федерации. В российском законодательстве об особом режиме безопасного функционирования говорится в ст. 3 Закона РФ от 14 июля 1992 г. N 3297-1 "О закрытом административно-территориальном образовании" (в ред. от 25 ноября 2008 г.), которая устанавливает особый режим безопасного функционирования предприятий и (или) объектов в закрытом административно-территориальном образовании. Во исполнение данного Закона были приняты следующие постановления Правительства РФ:
от 11 июня 1996 г. N 693 "Об утверждении положения о порядке обеспечения особого режима в закрытом административно-территориальном образовании, на территории которого расположены объекты Министерства Российской Федерации по атомной энергии" (с посл. изм. от 8 августа 2003 г.);
от 26 июня 1998 г. N 655 "Об утверждении положения об обеспечении особого режима в закрытом административно-территориальном образовании, на территории которого расположены объекты Министерства обороны Российской Федерации" (с посл. изм. от 8 июля 2005 г.);
от 15 сентября 1998 г. N 1105 "О распространении действия Положения об обеспечении особого режима в закрытом административно- территориальном образовании, на территории которого расположены объекты Министерства обороны Российской Федерации, на закрытые административно-территориальные образования - г. Снежногорск Мурманской области, г. Радужный Владимирской области, г. Шиханы Саратовской области и пос. Солнечный Тверской области";
от 8 июля 2005 г. N 416 "О распространении действия Положения об обеспечении особого режима в закрытом административно-территориальном образовании, на территории которого расположены объекты Министерства обороны Российской Федерации, на закрытое административно-территориальное образование - поселок Михайловский Саратовской области".
Существует также Соглашение между Российской Федерацией и Республикой Казахстан о статусе города Байконур, порядке формирования и статусе его органов исполнительной власти (заключено в г. Москве 23 декабря 1995 г.).
Ни в одном из нормативных актов, указанных в комментарии к данной статье, ничего не говорится о том, в чем заключаются особые и (или) ограниченные условия осуществления НД на указанных в этих нормативных актах объектах и территориях с особым режимом безопасного функционирования. Эти вопросы требуют дальнейшей доработки со стороны законодателя и Правительства РФ.