С-Петербург и Москва, как уже правильно заметили, являются отдельными субъектами федерации, и городами с особым статусом. Это, в частности, подтверждается во многих федеральных законах. Например, в Градостроительном кодексе, Земльном кодексе и др. Но при этом правительство и все службы и ведомства московской и ленинградской областей, располагаются имеено в этих мегаполисах. Т.е. с этой точки зрения их можно считать областными центрами, ибо других городов, которые выполняли бы функции центра, ни в МО, ни ЛО нет.
_________________