С началом Первой мировой войны, в связи с блокадой Балтийского и Черного морей, Советом министров Российской империи было принято решение о безотлагательном строительстве железной дороги, связывающей Петрозаводск с побережьем Баренцева моря. Ее главная задача заключалась в обеспечении перевозки военных грузов, поступавших от союзников в порты Белого и Баренцева морей (Сороку, Кандалакшу и Семеновский). Разрешение императора Николая II на строительство дороги, названной впоследствии Мурманской, было получено 1 января 1915 года.
Медвежья Гора стала одной из станций линии, ее строительство велось в 1915-1916 годах. Название пошло от изыскателей, которые вели прокладку трассы под железную дорогу, чем периодически тревожили медведей и, после, слагали множество легенд. Так и закрепилась на карте отметка с этим названием – Медвежья Гора. Позднее вокруг станции появился город, как называют его сами жители – «город, рожденный под гудок паровоза». В ноябре 1916 года на всем протяжении Мурманской линии открылось временное движение поездов.
В революционное и военное время станция являлась значимой стратегической территорией. В мае 1919 года русские белогвардейцы и английские интервенты заняли Медвежью Гору, которая стала для них основной прифронтовой станцией – сюда подвозили снаряды, патроны и катера.
После окончания гражданской войны станционное хозяйство нуждалось в ремонте. В первой половине 1920-х годов были выполнены большие работы по восстановлению и достройке Мурманской железной дороги. Уже к 1929 году станция была восстановлена и пропускала до 5,5 млн тонн грузов, в 1932 году – 11 млн тонн, в 1937 году – более 17 млн.
В январе 1935 года Мурманская магистраль была переименована в Кировскую железную дорогу в честь государственного деятеля Сергея Мироновича Кирова (1886-1934).
В 1930-1933 годах относительно недалеко от пристанционного поселка был сооружен Беломорско-Балтийский канал, связавший Онежское озеро с Белым морем. Благодаря этому Медвежья Гора превратилась в важный транспортный узел. В 1938 году поселок получил статус города, который стал именоваться Медвежьегорском.
Во время Великой Отечественной войны с 1941 по 1944 годы Медвежьегорск, в том числе и станция Медвежья Гора, находились под оккупацией финской армии и использовалась для поставки вооружения. 23 июня 1944 года при стремительном наступлении советских войск город был освобожден, движение через станцию было возобновлено уже 16 июля.
В мирное время Медвежья Гора пережила многочисленные реконструкции и техническое перевооружение. Улучшила и оживила работу станции электрификация участка Идель – Свирь в 2005 году. Старейшим предприятием железнодорожного узла является Медвежьегорское локомотивное депо, которое до сих пор является предприятием, где работает большинство горожан.
Одна из достопримечательностей города Медвежьегорска – железнодорожный вокзал, построенный в стиле русского деревянного зодчества в 1916 году по проекту архитектора Руфина Михайловича Габе, состоит из здания вокзала и нескольких домов для станционных служащих. Первозданный облик вокзала постарались сохранить до сегодняшнего дня.
