Строительство железной дороги в районе Кандалакши, являвшейся частью Мурманской железной дороги, началось весной 1915 года. В июне 1915 года был открыт Кандалакшский порт и на пароходе «Свере» в него прибыли американские грузы для строительства железной дороги. 15 ноября 1916 года дорога была сдана во временную эксплуатацию. Первоначально депо и станция Кандалакша были построены в районе порта. Железнодорожный поселок близ станции получил название Тысячные Бараки, поскольку располагался в районе верстового столба с указателем расстояния от Петрограда до Кандалакши в тысячу верст.
С открытием постоянного сообщения с внутренними рынками добыча рыбы, без сомнения, увеличелась во много раз и рыбные продукты, представляя собою здоровую и питательную пищу, находили обширный сбыт среди населения внутренних губерний.
Кроме того, железная дорога на Мурманский берег, воды которого круглый год открыты для навигации, делая Россию фактической обладательницей Северного океана в течение всего года, служила целям нашего военного флота и имела значение важного стратегического пути».
Постоянно велась вербовка людей в южных губерниях страны. Но их было мало. Потому-то в 1915 году прислали более 10 тысяч военнопленных, но они плохо переносили северный климат, к началу 1916 г. оставшиеся в живых были эвакуированы. Однако летом 1916 года было доставлено до 25 тысяч военнопленных, и все-таки через два-три месяца началась эвакуация их в центральные районы страны.
В начале 1916 года вербовку землекопов произвели в Манчжурии. Летом того же года через Архангельск на стройку дороги прибыло до 10 тысяч китайцев....
Самым сложным и трудным было строительство Средней линии, протянувшейся от Сорокской бухты до Кандалакши, так как здесь дорога прокладывалась по местам бесчисленных болот и скал. 30 октября 1915 г. газета «Таймс» по этому поводу писала: «Встречались бесконечные трудности, которые не в состоянии изменить ни знания, ни человеческая энергия. Преодолевая их, по колено в воде или болотной грязи, среди камней и корней деревьев русские рабочие и инженеры одновременно с двух концов прокладывают дорогу. Когда всё будет закончено, когда на берегу Ледовитого океана засвистит наконец первый паровоз, Россия будет вправе заявить, что ею ещё раз выполнена титаническая работа; тогда в полной мере оценят железную волю, знания и неутомимую энергию строителей дороги».
Укладка рельсового пути на линии Петрозаводск — Сорокская бухта закончилась в декабре 1915 г. и на линии Мурман — Кандалакша — в апреле 1916 г. На этих далеко еще недостроенных линиях почти сразу же началась перевозка военных грузов. Перевалочными пунктами стала Кандалакша и Сорокская бухта. Военные грузы, шедшие в центральные районы России, в Кандалакше перегружались из вагонов на беломорские суда, а в Сороке – с судов в вагоны. В зимнее время грузы перевозились гужевым транспортом.
Позднее железнодорожная станция была перенесена севернее по ходу железной дороги на Мурманск приблизительно на три версты, дав название образовавшемуся у станции посёлку Третья Верста.
Станция электрифицирована в 1935 году в составе участка Кандалакша — Апатиты — Кировск-Мурманский постоянным током, напряжением 3 кВ. В 2001 году станция переведена на переменный ток с напряжением 25 кВ.
В третьем квартале 2011 года железнодорожная станция Кандалакша решением правления РЖД награждена дипломом первой степени за достигнутые высокие показатели в отраслевом соревновании.
Деревянный вокзал был построен в 1916 г. в связи с прокладкой железной дороги в Романов-на-Мурмане (Мурманск). Материалы для его строительства вокзала были привезены морем в порт Кандалакши, рядом с которым он и был построен. Небольшое одноэтажное здание вокзала провинциального города в стиле модерн. Несмотря на почтенный возраст, здание используется по прямому назначению. Внутри тепло и уютно, работают кассы. Интересно, что в Кандалакше находится самое крупное депо за Полярным кругом.
