Cтроительство аэропорта началось в 1970 году за поселком Емельяново и через 10 лет он был введен в эксплуатацию, а в 1993 году аэропорт получил статус международного. Дальнейшая его история содержит ряд необычных моментов.
К концу 2017 года был построен новый пассажирский терминал и первый рейс из него был совершён в Норильск.
В июле 2019 года аэропорт Красноярск был признан самым динамично развивающимся аэропортом Евразии.
26 сентября 2020 в честь 40-летнего юбилея аэропорта Красноярск состоялся благотворительный забег по взлетно-посадочной полосе (единственный в своем роде в действующем аэропорту).
В марте 2021 в аэропорту Красноярск стартовал уникальный проект для России – «Собака эмоциональной поддержки» для пассажиров, испытывающих дискомфорт при перелете.
3 августа 2021 на перроне аэропорта спортсмен в специальной упряжке протащил пассажирский Boeing 737-800 авиакомпании NordStar, тем самым поставив рекорд России по трек-пулу.
