Деревянный храм был построен и освящен в 1647 году. В 1703 он был уничтожен пожаром, но был вновь восстановлен и освящен в ноябре 1705 года. Позже было начато строительство каменной трапезной с престолом во имя Сергия Радонежского, но при очередном крупном пожаре в ночь с 9 на 10 мая 1748 года Богоявленская церковь вновь сгорела, уцелел только придельный храм в трапезной, который освятили 15 марта 1752 года. Постепенно началось восстановление здания, но уже каменного, которое было достроено через десять лет и освящено 19 июля 1763 года.
Богоявленский храм закрыли в самом начале 1930-х годов, до конца 1980-х здесь действовал швейный цех комбината. В октябре 2008 года началось активное восстановление храма и уже в следующем году начались еженедельные службы, а при храме стал размещаться епархиальный молодежный отдел. На Пасху 2009 года на колокольню были подняты колокола.
Сегодня в Центре ресоциализации при Богоявленском храме уже победившие наркозависимость мужчины проходят последний этап возвращения в социум, живут в кельях при храме. На территории церкви настоятель планирует создать и площадку для женской реабилитации – швейный цех, подобный тому, который был здесь в советское время.
При храме есть даже своя видеостудия, где записываются видеобеседы с пастырем, которые затем по внутрикабельному телевидению транслируются во все тюрьмы Воронежской области.
