Лагерь Заксенхаузен был создан в июле 1936 года. Число узников в разные годы единовременно доходило до 60000 человек. На территории лагеря различным образом погибло свыше 100000 человек.
Здесь проходили подготовку и переподготовку «кадры» для уже созданных и вновь создававшихся лагерей. Со 2 августа 1936 года около лагеря располагалась штаб-квартира «Инспекции концентрационных лагерей», в марте 1942 года вошедшая в состав Управленческой группы «D» (концентрационные лагеря) Главного административно-хозяйственного управления СС.
В лагере существовал подпольный комитет сопротивления, руководивший разветвлённой, хорошо законспирированной лагерной организацией, которую гестапо раскрыть не удалось. Руководителем подполья был генерал Александр Семенович Зотов. В лагере находились Яков Джугашвили, Степан Бандера.
21 апреля 1945 года, в соответствии с отданным приказом, начался марш смерти. Предполагалось свыше 30 тыс. узников колоннами по 500 человек перебросить на берег Балтийского моря, погрузить на баржи, вывезти в открытое море и затопить. Отстававших и обессилевших на марше расстреливали. Так, в лесу у Белова в Мекленбурге было расстреляно несколько сотен узников. Задуманное массовое уничтожение узников, однако, осуществить не удалось — в первых числах мая 1945 года советские войска освободили их на марше.