История возникновения на кубанской земле одного из замечательных образцов русского церковного зодчества восходит к концу 19 века и связана она с поездкой в Екатеринодар царской семьи, совершенной в 1888 году. Поезд, на котором путешествовала царская семья потерпел крушение. К счастью, в результате этого несчастного случая никто серьезно не пострадал. Вскоре после этого, в 1899 году, на заседании Екатеринодарской Городской управы, которое состоялось сразу же после совершения торжественного молебна в соборе Александра Невского было принято решение о строительстве во второй части города, в 113 квартале семипрестольного храма в ознаменование чудесного спасения Великого Государя Александра Третьего и его семьи. Членам Собрания В. Климову, мещанскому старосте Я. Родионову и купеческому старосте А. Ерохину было поручено направить телеграмму с сообщением о принятом решении и с выражением верноподданнических чувств. Великому Государю. В ответной телеграмме Государя Александра Третьего была выражена Высочайшая благодарность.
Подготовка к строительству храма шла несколько лет. Сложилась такая ситуация, что выбор места для строительства храма был связан с определенными трудностями. Все подходящие для такого сооружения площадки находились под застройкой. И вот получилось так, что 20 апреля 1896 года в Городскую Думу обратилась престарелая вдова урядника Ефросинья Щербинина, которая предложила построить собор на участке размером 962 квадратных саженей, который принадлежал ей. Участок располагался на перекрестке Гривенской и Карасунской улиц. Помимо этого, Щербинина жертвовала на возведение церкви 200 рублей. Взамен она просила Думу выделить ей скромный пенсион размером 120 рублей в год и небольшой домик, в котором она могла бы прожить остаток лет. Городская Дума рассмотрела это предложение и приняла его, выразив Ефросинье Абрамовне глубокую благодарность. Закладка храма состоялась после совершения крестного хода в соборе кубанского казачьего войска 3 октября 1899 года, при огромном стечении народа. Место будущего строительство освятил протоиерей Воскресенский. В основание фундамента храма, напротив места, где должен был располагаться главный престол, была замурована памятная доска. Строительство велось более десяти лет и было закончено в 1910 году.
Годом ранее закладки собора, 14 апреля 1898 года, проект будущего храма был представлен Думе екатеринодарским архитектором Иваном Клементьевичем Мальгербом. Согласно представленному проекту, который был выполнен в традиционном русском стиле, собор должен был быть трехпрестольным, и вмещать до тысячи прихожан.
Горожане охотно и много помогали строительству Троицкой церкви и деньгами, и стройматериалами. Уже осенью 1901 года на строительную площадку был перевезен колокол, вес которого составлял 53 пуда. В 1902 году на месте сооружаемой церкви состоялось открытие молельного дома, службу в котором нес отец Василий Бирюков. Тем временем строительство продолжалось, шли работы по кладке покрытия крыши и колокольни.
Торжественным событием отметился день 29 июня 1904 года – именно в этот день на купола строящегося Свято-Троицкого собора были подняты кресты. В тот же день произошло освящение престола в нижнем храме, названным во имя преподобного Серафима Саровского. Три других престола, сооружаемых в храме, были наречены: средний – во имя Святой Троицы, левый – во имя Святой Ефросиньи, и правый – во имя Василия Великого. В дальнейшем престол Святой Ефросиньи был переведен в нижний храм, а именем преподобного отца Серафима Саровского был наречен левый престол.
В 1905 году строительство храма было временно приостановлено из-за нехватки средств. В результате этого в недостроенном нижнем храме из-за сырости помещения начали портиться иконы. Возобновление строительных работ произошло в 1907 году, когда Городская Дума изыскала средства на завершение работ и сооружение иконостаса. Постройка иконостаса, проведение росписи стен и алтаря явилась наиболее ответственной задачей, которую пришлось решать строительной комиссии. На проведение этих работ Думой было выделено 15000 рублей. Выполнение этой почетной и ответственной задачи было поручено художнику Н. Сафонову и московскому иконописцу Стрелкову. Согласно выбору строительной комиссии, роспись стен храма должна была выполняться в стиле Васнецовской живописи.
Строительство церкви успешно продолжалось, и в газетах появились сообщения, что она будет открыта на праздник Святой Троицы в 1909 году. Журналисты также отмечали, что эта будет первый храм на Кубани, стены которого покрыты росписью.
Однако к празднику Святой Троицы 1909 года открытие церкви не состоялось. Для полного завершения росписи стен и отделочных работ потребовался еще один год. И вот, 7 июня 1910 года, в день праздника Святого Духа, Свято–Троицкий храм города Екатеринодара был торжественно освящен.
Строительство храма, продолжавшееся более десяти лет, обошлось городской казне и горожанам в сто тысяч золотом. Свято–Троицкий собор стал главной достопримечательностью и украшением второй части города, слывшей наиболее бедным районом Екатеринодара.
В градостроительном аспекте Свято–Троицкий храм стал образцовым архитектурным объектом, гордостью горожан. И власти города, и прихожане храма, и, конечно же, его автор – архитектор И. К. Мальгерб, имели полное основание гордиться им, ведь во всем городе едва ли бы отыскался тот, кто не внес свой посильный вклад в сооружение этого замечательного храма.
Уникальность и нарядность сооружению придавало не только гармоничное сочетание архитектурных форм, напрочь лишенных эклектики, свойственной многим культовым сооружениям, построенным в этот период. Особенность этой церкви заключается и в оригинально выполненной кладке стен, в достижении внешнего благолепия за счет отделки фасадной части значительным количеством деталей из красного кирпича. Подобный стиль обработки свойственен традиционной русской средневековой архитектуре.
Благодаря сооружению на Кубани Свято–Троицкого храма и Семипрестольного Екатерининского собора имя замечательного архитектора Ивана Клементьевича Мальгерба вписано золотыми буквами в архитектурную летопись края.
Вскоре после освящения храма, в 1911-1912 годах были проведены реставрационные работы в нижнем храме, пострадавшем при временной приостановке строительства. В ноябре 1912 года нижний храм был освящен. При Свято– Троицком храме действовали городская церковно–приходская школа и начальное училище.
К сожалению, тяжелейшие потрясения, которые пережила страна в двадцатом веке, наложили свой отпечаток и на дальнейшуюисторию храма. Гонения на церковь и священников, начавшиеся с приходом к власти большевиков, привели к тому, что всего через двадцать с небольшим лет после освящения, в 1934 году Свято-Троицкий храм был закрыт. Во время фашистской оккупации Кубани, в 1942 году богослужение в храме было возобновлено, однако, после Великой Отечественной войны Свято–Троицкий храм был закрыт на долгие десятилетия. Здесь воцарились разруха и запустение, вся церковная утварь, бесценные иконы и иконостасы, мебель были вывезены из церкви и экспроприированы большевистской властью и распределены по разным советским учреждениям и организациям. Напоминанием тех дней служит церковная ограда, которая и в наши дни окружает территорию детской клинической больницы на улице И. С. Тургенева.
В послевоенное время здание храма использовалось в качестве складского и хозяйственного помещения. До 1972 года здесь действовала засолочная база. При этом, все замечательные художественные росписи на стенах по распоряжению советского руководства были закрашены в несколько слоев масляной краской. После всего этого, в 1972 году храм был отдан в распоряжение Краснодарского областного филиала худфонда СССР, и здесь начал действовать скульптурный цех, в котором было создано большинство памятников, которые и по сей день украшают улицы Краснодара. В 1979 году здание Троицкой церкви было объявлено историческим памятником и взято под охрану государства. Однако, это ничуть не улучшило плачевного состояния замечательного сооружения.
Новый резкий поворот в истории страны вновь столь же резко отразился на истории многострадального Свято-Троицкого храма. Правда, на этот раз перемены привели к возрождению храма. Начавшаяся в стране перестройка и переосмысление истории страны не оставили равнодушными верующих людей. Именно благодаря им, в 1989 году был проведен сбор подписей в пользу возвращения здания храма Кубанской Епархии. Новые времена привели и к новому отношению властей к религии и церкви. Голос прихожан был услышан, и в 1990 - ом году собор вернулся в лоно Православной церкви. Впервые после десятилетий запустения и забвения под сводами храма прозвучала молитва, и она взывала о прощении тем, кто не ведал что творил.
После возвращения Свято-Троицкого храма верующим, специалистами была проведена оценка его состояния. Оценка была дана неутешительная – здание требовало радикальных восстановительных и ремонтных работ, что связано с большими финансовыми затратами и значительными сроками. Однако благодаря усилиям Русской Православной церкви и энтузиазму верующего населения края уже через четыре года храм разительно изменился. Была заново смонтирована крыша, полностью восстановлена колокольня, настланы крепкие дубовые полы, и главное, вновь, как и десятилетия назад, над куполами храма вознеслись в небо покрытые сусальным золотом кресты. По благословлению святейшего патриарха Алексия Второго, Свято–Троицкий храм Краснодара получил статус собора.
На сегодняшний день Свято-Троицкий собор посещают тысячи прихожан, он стал тем местом, где проводит религиозные обряды кубанское казачество. Для казачества собор имеет особое значение – ведь именно на территории Свято-Троицкого храма 2008 году был перезахоронен летописец казачьего движения, автор фундаментального труда по истории Кубанского казачьего войска, основоположник российской статистики, член Кубанской казачьей Рады, глава Верховного Суда Кубанской республики, академик, писатель, поэт Федор Щербина. Щербина эмигрировал после Октябрьской революции и долгое время жил за рубежом. Скончался он в 1936 году в Праге.
А в 2010 году собор отметил свой вековой юбилей. Торжественное мероприятие, посвященное столетию основания Свято – Троицкого собора отмечалось 23 мая. Событие отметили не только прихожане. Поздравить священнослужителей, верующих, всю общественность города пришли руководители краевой и городской администрации, депутаты Государственной Думы, бизнесмены, атаманы и представители кубанского казачества. Возглавлял проведение торжеств митрополит Кубанский и Екатеринодарский отец Исидор. Он отслужил в соборе торжественную литургию и встретился с прихожанами. В своем выступлении митрополит Исидор отметил, что в 1988 году, когда он только приехал на Кубань, в крае действовало всего 3 собора и 18 церквей. На сегодняшний день их уже более трёхсот.
