Текстовый редактор. GPX-файл это просто XML-тегированный текстовый файл.

1) Объединять несколько однотипных файлов в один с сохранением всех свойств точек. Нужно для уменьшения количества файлов в Garmin Dakota, там на каждый день создается свой файл


Берёте файл в который собираетесь добавлять остальные, открываете в текстовом редакторе. Вставляете строку перед тегом </trkseg>. Открываете присоединяемый файл и копируете оттуда весь текст между тегами <trkseg> и </trkseg>. Вставляете в первый файл перед тегом </trkseg>. Берёте следующий файл - вставляете дальше. И т.д.
Получившийся файл загружаете на сайт gpslib.ru и оттуда уже скачиваете в любом нужном Вам формате, заодно смотрите что у Вас получилось.

2) Удаление выбранных точек в файле с сохранением свойств всех остальных

Загружаем gpx-файл на сайт gpslib.ru, просматриваем в режиме "Анализ скоростей на карте". Находим время точек которые хотим удалить, записываем его. Открываем исходный файл и ищем в нём такое время по тегу <time>, удаляем ненужные точки описанные между тегами <trkpt> и </trkpt>.