JAVA_HOME должна быть установлена в путь к JAVE-RunTime.
Посмотри все переменные окружения, которые у тебя существуют.
В W2000 это COntrol Panel -> System -> Advanced -> Enviroment Variables.

Если установлена, то запускай:
java.exe <имя класса с методом main>

А хотя, я сейчас подумал, что любая программа должна иметь стартовый файл. Самое простое - это .BAT файл. В котором устанавливаются все переменные и запускается приложение.
Поищи такой файл. Почитай readme или что-то в этом роде, поставляемое с инсталляхой