не надо сносить программу
надо было новые файлы ( иногда одна область это несколько файлов) записать в отдельную дир. причем не внутри MAP директории, например в корне созать отдельную папочку. далее опции другие карты выбрать создать атлас, и указать эту директорию.
и будет у вас 2 атласа , и ездить можно по очереди либо по одному либо по другому.