Территория заказника включает большое число разных по площади островов, наиболее крупные из них - Большой Березовый, Западный Березовый, Северный Березовый, Малый Березовый, а также участок акватории к югу и западу от архипелага. Вокруг Березовых островов (включая проливы) обитают и нерестятся многие промысловые виды рыб - салака, корюшка, лещ, судак, окунь, а также малочисленные, но ценные виды - ряпушка, сиг, рогатка. Зоны мелководий, заливы и проливы между островами служат местами массовых стоянок водоплавающих птиц на весеннем пролете. Особенно многочисленны стоянки лебедей (кликун и тундряной), казарки (черная и белощекая), нырковой утки (синьга, турпан, морянка, хохлатая чернеть, гоголь), крохали (большой и длинноносый), речной утки (кряква, свиязь, шилохвость, чирок-трескунок, чирок-свистунок, широконоска). Более мелкие острова служат местом массового гнездования водоплавающих птиц. Здесь образуются смешанные поселения колониальных видов (чаек, крачек) с многочисленными гнездами утиных внутри колоний. Такие поселения известны на островах Рондо, Малый Березовый, Большая Отмель, многочисленных мелких островках и лудах. Акватория к западу и югу от Березовых островов служит местом щенения балтийской кольчатой нерпы. В зависимости от границы ледостава район размножения тюленей меняется год от года, но обычно он расположен на расстоянии 6 10 км к югу от Большого Березового острова.
