Cело Милюково существовало еще до XV века, ранее называлось оно Никольское, вероятно в честь храмовой иконы святителя и Чудотворца Николая. А свое новое название по преданию село получило следующим образом. Было это во время русско-литовской войны. Литовский отряд пришел в Никольское и, разорив храм, унес с собой образ Николая Угодника. Но пройдя полторы версты, при переходе через речку Качу, грабители ослепли и бросили образ в воду. Проплыв полверсты резная, в человеческий рост икона, остановилась в месте, где давал сражение полковник Милюков, со всех сторон окруженный врагом. Ободренный явлением образа Чудотворца, Милюков разгромил врага. В благодарность за Божью помощь, полковник дал обет построить новый храм на месте разорённого, и слово свое сдержал. Образ Николая Чудотворца занял своё место в новом храме, на месте сражения поставили часовню со святым колодцем, а село стало называться Милюковым. Каменный храм построил владелец имения Салтыков, вероятно во время правления императрицы Елизаветы. В 1790 году к храму пристроена колокольня. В истории зафиксировано несколько случаев исцеления перед образом Святого Николая Чудотворца Угодника в Милюково. 1 марта 1846 года в Милюково родился Василий Васильевич Докучаев. Его отец Василий Сергеевич был священником Никольской церкви. Василий Васильевич только по окончании Смоленской духовной семинарии поступил в Петербургский университет, который закончил в 1871 году. В.В. Докучаев по праву считается основателем науки о почвах. Он впервые в мире составил классификацию почв, обосновал факторы их образования, разработал методику картирования почв и составил первую карту почв Северного полушария. В настоящее время в селе постоянно проживает восемь человек. Частично сохранился храм, который, тем не менее, действует. В нем периодически служит священник из Тёсово Иоанн Биляк. Так же сохранились ворота храма и часовенка.
