Церковь Святого Николая Чудотворца во Владычной слободе принадлежит к древнейшим по времени построения церквям города Вологды. Каменный храм был построен в 1669 году. Местность, в которой он находится, получила название по принадлежности до 1649 года Вологодскому Архиерейскому Дому (Владыке). Владычненские крестьяне характеризовали собственное положение так: «Мы живем не на пашне, а промышляем торжком». Николаевская во Владычной слободе церковь была восьмым каменным храмом города, но поскольку церкви Иоанна Предтечи и Знамения Божией Матери в Дюдиковой пустыни, храмы Свято-Духова монастыря и Кирилло-Иоанно-Богословская Семинарская церковь на Соляном дворе, имеющие более раннее происхождение, до настоящего времени не сохранились, это храм становится третьим по древности из сохранившихся в городе памятников каменного зодчества, после Софийского собора и холодной церкви Дмитрия Прилуцкого на Наволоке.
