История храма неразрывно связана с Мариинским институтом благородных девиц, открытого в 1854 году по решению уездных предводителей дворянства Саратовской губернии и с высочайшего соизволения Государя Императора Николая Павловича.
Вопрос об открытии Мариинского Института благородных девиц впервые был поставлен 16 декабря 1839 года на съезде Саратовского дворянства, на котором Саратовский губернский Предводитель дворянства, подполковник и кавалер Святослав Михайлович Скибиневский сообщил, что «при здешней гимназии учрежден пансион для образования и воспитания недостаточных дворянских детей на счет сумм, пожертвованных дворянством….». Свое название институт получил в честь Святой равноапостольной Марии Магдалины, небесной покровительницы ее Императорского Высочества вел. кн. Марии Николаевны, которую предводители Саратовского дворянства просили принять институт под свое высочайшее покровительство. Для этого, от лица Саратовского дворянства, было составлено прошение Великой Княгине Марии Николаевне взять институт под свое покровительство и именовать его «Мариинским Институтом благородных девиц Саратовского дворянства». Получив на открытие института высочайшее соизволение. Предводители Саратовского дворянства стали собирать средства на его учреждение, однако само открытие учебного заведения состоялось лишь спустя 15 лет.
Первоначально Институт был временно размещен в арендованном доме Челюскиной, там же была открыта и первая институтская домовая церковь. В этом здании Институт просуществовал до постройки нового корпуса, строительство которого, было завершено в 1857 году.
Во вновь построенном институтском здании церковь была устроена на 3- м этаже. Освящена она 24 сентября (по старому стилю) 1857 г. Преосвященным Иоаникием (Горским), епископом Саратовским, во имя св. Марии Магдалины небесной покровительницы Великой Княгини Марии Николаевны, — патрона института благородных девиц. При этом Преосвященный благословил институт живописной, в серебряной рамке с драгоценными камнями иконою Св. Первомученицы Феклы и Св. равноапостольной Марии Магдалины с благословляющим Спасителем на облаках (в день памяти св. первомуч. Феклы был освящен храм и здание самого Института). На обороте иконы находится собственноручная надпись Владыки: «Саратовскому Марiинскому Институту благородных девиц на память освященiя домовой его Церкви в честь Св. Равноапостольныя Марiи Магдалины: 6ывшаго 24:-го сентября l857 -го года в день Св. Первомученицы Равноапостольныя Феклы. Иоанникiй. Епископъ Саратовскiй и Царицынскiй» Эта драгоценная, для храма, Святая икона была утеряна вместе с другими святынями после разграбления и закрытия домовой церкви.
Институт разрастался, церковь становилась тесной, и с разрешения Ведомства в 1897 г. было пристроено к главному корпусу особое каменное двухэтажное здание. Автором проекта стал городской инженер, архитектор Салько Алексей Маркович, построивший в Саратове и губернии более 130-ти сооружений: церкви, больницы, жилые дома, мельницы и другие, прекрасные по своей архитектуре строения. Подряд по строительству домовой церкви берется выполнить Федор Дмитриевич Головин. В верхнем этаже этого здания устроена обширная светлая церковь, вход в которую проходил из классного коридора главного корпуса, а в нижнем были размещены столовая с буфетом.
В дортуаре, на месте прежнего размещения домовой церкви института, где стоял св. Престол, был устроен дубовый резной киот с иконами Св. царицы Александры и Св. Марiи Магдалины, обнесенный деревянной балюстрадой.
Освящение новой церкви состоялось 28 сентября (по старому стилю) 1897г. Преосвященным Николаем (Налимовым), епископом Саратовским и Царицынским. Новый храм, как и прежний, был посвящен Святой равноапостольной Марии Магдалины (память которой совершается 4 августа по новому стилю). Иконостас в ней был изготовлен мастером Игнатием Парфеновичем Кузьминым, а настилка паркета произведена мастером В.Я. Смолевым.
Богослужение в институтском храме совершалось в воскресные, праздничные, и табельные дни в учебное время, за исключением летних каникул. Два хора воспитанниц пели на обоих клиросах, под управлением учителя церковного пения, а в его отсутствие управлялись воспитанницами.
В церкви Святой равноапостольной Марии Магдалины молились во время своих посещений Мариинского института члены императорской фамилии. Так 20 июля 1863 г. храм посетил Государь Наследник Цесаревич Николай Александрович, прибывший в сопровождении графа Е. Г. Строганова, 31 августа 1871 г. с визитом в в Мариинский институт прибыл Государь Император Александр II с Наследником Цесаревичем, вел. кн. Александром Александровичем.
Мариинский храм отличался своим убранством, высокие, частые арочные окна делали его светлым, а украшенный резьбой иконостас сиял золотом. Многие иконы находящиеся в институтской церкви были подарены его выпускницами. Настоятели храма одновременно преподавали в Институте Закон Божий, в который входило изучение Пространного катехизиса, Священной истории, Ветхого и Нового завета, изучение литургики и основ христианской нравственности. Сами воспитанницы участвовали в совершении богослужений в качестве певчих церковного хора. На должность церковных старост, в обязанности которых входила забота о благолепии храма, избирались купцы первой гильдии, многие из них делали личные пожертвования на устройство иконостаса и приобретение церковной утвари. Большая часть храмовых икон были пожертвованы воспитанницами разных выпусков.
