В 1777 году главнокомандующий Азовской флотилией и Таганрогским портом контр-адмирал Федор Алексеевич Клокачев обратился с ходатайством к архиепископу Славенскому Евгению о разрешении постройки храма во имя Святителя Николая в так называемых морских кварталах г. Таганрога. По получении разрешения началась постройка, которая продвигалась быстро, так как материал и рабочие были казенными. В 1778 году церковь была освящена; храм оказался по тем временам величественным и благообразным. Его фундамент был каменным, а стены – деревянными. Вскоре после окончания строительства храм был определен как соборный до постройки Успенского собора. Первым настоятелем был назначен священник из Воронежской Епархии Исидор Ляхницкий. Выбор места для храма, именовавшегося сначала церковью Николы Морского, был сделан священником Иоанном Андреевым, и как говорили, было выбрано то самое место, где стояла палатка Петра Великого, когда он в первый раз прибыл на Таганий Рог и делал в море промеры.
В 1844 году на средства церкви была построена новая деревянная колокольня, так как прежняя обветшала. Постройка обошлась в 2 тысячи рублей ассигнациями. В 1865 году староста храма Смирнов ходатайствовал перед городским управлением о безвозмездном выделении земли для постройки дома, в котором помещалась бы школа и квартира причта. Место было выделено в 113-м квартале, под номером 6 в количестве 173 квадратных сажен. Церковный дом был построен старостой Смирновым. Другой деревянный дом был пожертвован храму еще в 1822 году матросом ластовой команды Дмитрием Ивановым в Петровской части 24-го квартала № 240 с дворовым участком в 6,5 сажен длины и 8 сажен 3 аршина ширины. Храм был построен моряками, и прихожанами его были преимущественно рыбаки.
Во время Крымской Войны 1855 – 1856 годов, 20 мая 1855 года в Таганрогский залив вошла вражеская эскадра. 22 мая Таганрог подвергся артиллерийскому обстрелу с кораблей противника во время обстрела противником по городу было выпущено около 10 тысяч разрывных и зажигательных бомб боевых пороховых ракет, гранат и картечи. Свидетельством этой бомбардировки являются осколки,застрявшие в северной стене Свято-Никольского храма.
До 1863 года храм был неразрывно связан с историей создававшегося на Юге России военно-морского флота.
В 1845 году к храму была пристроена 3-ярусная кирпичная колокольня во имя святой великомученицы Параскевы, была благоустроена прилегающая территория. Позже к приделу была пристроена трапезная. В архитектурно-художественном отношении здание представляет собой типичную приходскую церковь, выстроенную по классическим канонам. Колокольня и трапезная выполнены с деталями в стиле ампир.
Во время Великой Отечественной войны в 1941 году деревянная церковь полностью сгорела. В 1957 году верхние ярусы колокольни были взорваны. На церковной территории поочерёдно располагались теннисный корт, конюшня, гаражи и автомастерская, деревообрабатывающий цех… Результатом такого варварского использования стало то, что в 1989 году верующим были переданы самые настоящие руины.
В начале 90-х годов по проекту СК ДП «Спецреставрация» была восстановлена колокольня и новое кирпичное здание храма на месте сгоревшего с размещением в нем административных помещений. Внутренняя планировка выполнена таким образом, чтобы в будущем здание было возможно использовать для богослужений. Храм охраняется как памятник истории и культуры 18-го века.
С историей Никольского храма неразрывно связаны жизни многих выдающихся сынов нашего Отечества. Так, во время службы в Таганроге офицером Азовской флотилии, прихожанином храма был Феодор Ушаков, впоследствии легендарный непобедимый адмирал, причисленный Церковью к лику Святых. В хоре Никольского храма, вместе с отцом и братьями, в детские годы пел А.П. Чехов.
Интересна судьба колокола. Колокол отлит в Таганроге в 1778 году из турецких пушек, взятых в качестве трофея. В 1803 году, по указу императора Александра I, колокол был отправлен в Севастополь и предназначался для строящейся церкви Святого Николая. После Крымской войны 1853—1856 годах союзные войска Англии и Франции вывезли колокол в Париж из Севастополя в числе трофеев, где находился до 1913 года.
Здание состоит из 3 частей, объединенных в общий ансамбль. Храмовый комплекс воссоздан благодаря усилиям активной деятельности благочинного церквей Таганрогского округа настоятеля Свято-Никольского прихода протоиерея Александра Клюнкова и городских властей.
Так как религиозная жизнь церкви не ограничивается пределами церковной ограды, то, говоря о храме Святителя Николая, нельзя не упомянуть о его прихожанине святом блаженном Павле Таганрогском (дворянине Черниговской губернии Павле Павловиче Стожкове), который будучи человеком глубоко религиозным всецело посвятил свою жизнь служению Богу. Им было собрано религиозное братство, которое под его авторитетом составили люди благочестивые, искренние и полные живого участия друг к другу. Более всего братья и сестры этой общины трудились для блага украшения храма. Святой Блаженный Павел Таганрогский был причислен к лику местночтимых святых Ростовской епархии 20 июня 1999 года. Его святые мощи ныне почивают в Свято-Никольском храме г. Таганрога.
